該局特別呼籲，納稅義務人以顯著不相當之代價讓與財產，如果無法提出合理說明及具體之證明文件，證明其他客觀因素對其讓售價格有影響，致售價確實低於股權淨值，國稅局將以時價（即股權淨值）核定財產價值，並就二者差額視同贈與予以補徵贈與稅。
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徐有德說明，一般來說，股權轉讓交易之應納稅對象為出售股權方，在間接轉讓的特殊稅制下，稅法通常也賦予買方扣繳或申報義務，或甚至對境內被間接轉讓之公司課以納稅義務。因此，不論在併購或是集團內部重組交易時，應一併了解作為買方或被間接轉讓公司在此稅制下之稅務風險或應遵循事項，以避免權益受損。對買方而言，除免於受罰外，申報合規與否可能也涉及未來出售時之成本認定。
其中應付款的部分，因為公司名稱沒有變，雖然股東變了，但是在法律上公司人格還是同一，換言之，債權人才不管你跟甲方對於應付款的部分如何約定，本來就應該由公司支付所有的應付款。萬一甲方的應付款債權人告公司，你還是只能先支付，而不能以此協議書拒絕給付。協議書只是你跟甲方之間的事。
(一)內資企業轉讓股權涉及的稅種 公司將股權轉讓給某公司，該股權轉讓所得，將涉及到企業所得稅、營業稅、契稅、印花稅等相關問題：
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實收資本額未達新臺幣五億元其所在地在金門、馬祖、臺灣省轄區內之本國公司
有意購買樓花的人士，在決定繳付訂金之前，應先透過廣告、發展商發出的售樓書或樓價表等，了解清楚該發展項目的詳細資料和買賣程序。售樓書內亦載有大廈公契的摘要，包括公用部分、分配予每個單位的不可分割份數、管理人的委任年期、管理開支的分攤，以及政府批地文件的摘要，有意購買樓花的人士應詳細閱讀。
收集所需文件後，提交給稅務局，稅務局會對文件進行審查，如果文件符合所有要求，辦理印花稅後，稅務局會把文件蓋章。
上述資訊僅供參考。如需詳細資訊，請參閱資料來源，並按需要諮詢合適的專業建議。
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股份之轉讓，非將受讓人之姓名或名稱及住所或居所，記載於公司股東名簿，不得以其轉讓對抗公司。